本案爭訟主要在於健保署與慈濟骨髓幹細胞中心針對非親屬捐贈者於捐贈周邊血幹細胞或淋巴球之醫令的認知不同。
慈濟骨髓幹細胞中心在非親屬間造血幹細胞捐贈，在健保申報上一直依實際執行項目申報「非向捐血中心、家屬或親友取血」，而健保署在事後回溯並要求以費用較低的「向捐血中心、家屬或親友取血」項目之醫令申報，但非親屬幹細胞捐贈並非向捐血中心、家屬或親友取血，雖經申訴仍判定慈濟敗訴。
目前健保署沒有專用周邊血幹細胞收集的醫令代碼，長年來各醫院權宜方法皆採用捐血中心取血的醫令代碼，此次許多移植醫院亦受健保核刪。對於此結論，慈濟骨髓幹細胞中心深感遺憾並將陳請健保署擬訂周邊血幹細胞收集專用醫令代碼，讓造血幹細胞移植能在合理的體制下幫助到每一位患者。